Sebastian Kneipp wurde wieder vollständig gesund und schöpfte neue Lebenskraft. 1849 bekam er ein Stipendium im Theologischen Seminar Georgianum in München. Dort setzte er seine Wasseranwendungen fort und half damit gelegentlich auch seinen Kommilitonen bei manchen Beschwerden. Schnell bekam er den Spitznamen „Dr. Hydrophilus“.

1852 erhielt er im Alter von 31 Jahren das Abschlusszeugnis des Georgianums und empfing am 5. August im Augsburger Dom die Diakonatsweihe. Einen Tag später wurde er zum Priester geweiht. Am 24. August 1852 feierte er zusammen mit seinem Vater in der Ottobeurener Basilika seine Primiz (erste Messe).

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